Родился 16 февраля 1949 года в г. Северо-Курильске Сахалинской области. В 1951 году семья переехала в Приморье. Вырос в г. Дальнегорске - крупнейшем центре горнорудной промышленности. Считает Приморский край единственным местом России, где готов жить и на благо которого работать. В школе Евгений учился хорошо, был при этом не только неформальным лидером коллектива, но и бессменным старостой класса. Активно занимался спортом. Все еще не побит рекорд Дальнегорска: бег на дистанцию 100 метров за 11,00 секунд. По легкой атлетике участвовал и во всероссийских соревнованиях. Окончил музыкальную школу по классу баяна. В 1967 году, после окончания средней школы устроился на работу в объединение «Дальполиметалл» электромонтажником. В 1968 году призван в армию. Служил в частях Краснознаменного Тихоокеанского флота. В 1970 году демобилизован в звании старшины. С 1970 по 1975 год работал в объединении «Бор» (г. Дальнегорск), электросварщиком. С 1975 по 1980 г. - мастер, затем механик, начальник участка объединения «Бор». Без отрыва от производства окончил индустриальный техникум. Был назначен начальником цеха ПО «Бор». В 1983 году окончил Дальневосточный технологический институт по специальности экономика. Приморье впервые услышало о Наздратенко в конце 80-х годов как о талантливом руководителе созданной им с несколькими единомышленниками горнорудно-старательской артели «Восток». В 1990 году она стала Приморской горнорудной компанией с многотысячным коллективом, производством, выпускающим продукцию на уровне мировых стандартов. А Евгений Наздратенко был избран ее президентом. Занимал эту должность до июня 1993 года. По сведениям на 1996 год, в компании «Восток» (добыча серебряного концентрата, олова, свинца) работало 3 тысячи человек. Это одно из немногих российских предприятий, которое имеет производственную базу не только в стране, но и за рубежом. В 1990 году был избран народным депутатом РСФСР по Кавалеровскому территориальному округу № 225 Приморского края. В парламенте входил в состав фракции «Промышленный союз» и в «Коалицию реформ». Производственные достижения и успехи в решении социальных проблем в компании, твердая позиция защитника интересов Приморья, которые он, будучи народным депутатом России, отстаивал в кабинетах чиновников всех уровней, способствовали укреплению авторитета Евгения Наздратенко. В июле 1992 года на сессии Приморского Крайсовета, во время рассмотрения вопроса о снятии с должности главы администрации края Владимира Кузнецова, кандидатура Евгения Наздратенко была выдвинута на этот пост. В феврале 1993 года Евгений Наздратенко был вызван президентом РФ Борисом Ельциным в Москву и имел с ним личную беседу. После беседы Борис Ельцин согласился с предложением Приморского краевого Совета о снятии с должности главы администрации края В. Кузнецова и принял решение назначить на эту должность Е. Наздратенко. В мае 1993 года Указом Президента Российской Федерации Евгений Наздратенко назначен главой администрации Приморского края. В момент его прихода к власти экономика Приморья, обладающего богатейшими природно-сырьевыми ресурсами, находилась в состоянии глубокого кризиса. Уровень производства основных отраслей промышленности был снижен до параметров шестидесятых годов. Новому губернатору достались в наследство практически пустой бюджет и одни из самых высоких цен в России. В ноябре 1993 года Евгений Наздратенко был выдвинут кандидатом в депутаты Совета Федерации, всего в округе баллотировалось 4 кандидата. Наздратенко получил около 70% голосов избирателей, принявших участие в голосовании, и стал депутатом. В октябре 1994 года Евгению Наздратенко был предложен пост Вице-премьера, председателя Государственного Комитета по управлению государственным имуществом России, но он это предложение отклонил. В мае 1995 года Наздратенко возглавил дальневосточное отделение избирательного объединения «Наш дом - Россия», возглавляемого премьер-министром Виктором Черномырдиным. 17 декабря 1995 года Евгений Наздратенко одержал победу на выборах губернатора Приморья. За него отдали голоса 69,7% голосов. Член комитета Совета Федерации по вопросам безопасности и обороны. 19 декабря 1999 года переизбран на пост губернатора Приморского края. В первом туре за Наздратенко проголосовали 66,98 процентов избирателей. Награжден орденом «За личное мужество» за действия во время взрыва на Новонежинских складах Тихоокеанского флота в мае 1994 года. Также награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени. Женат. Имеет двоих сыновей.